巴塞罗那
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伊涅斯塔出身於加泰罗尼亚球會巴塞隆拿，於2002年10月被當時教練范加尔挑中，首次代表巴塞隆拿一隊出場，在歐聯中作客對比利時的布鲁日。在荷蘭人弗兰克·里杰卡尔德出任主教練後，他上场时间持续增加，水平也大有提高。2005-2006赛季，由于球队在国内联赛和欧冠两线作战以及巴塞隆拿不断有中场球员受伤，得到了更多的首发机会。尤其是欧冠中，挑战意大利球会AC米兰的两场比赛担任防守中场，冻结了对方中场安德烈亚·皮尔洛的进攻组织，并在当月入选当月欧洲最佳阵容。在对阵英格兰球队阿森纳决赛中，下半场替补出场，被誉为改变了比赛结果的关键人物之一。
2009年開始，在當時的領隊瓜迪奥拉帶領下，巴塞羅那在國內外的賽事中橫掃，其中在09年實現「六冠王」及2011年實現「五冠王」的賽季中，伊涅斯塔是重要功臣之一。2009年的歐聯四強，對切尔西在最後時刻，攻入關鍵扳平球，成功帶領球隊進入決賽。他與哈维搭擋中路更被譽為是當代最穩健、最令歐洲列強恐懼的一條中場線，被外界評為只要他們兩個在場上，就可以產生1+1=3的化學反應。
2018年4月27日，伊涅斯塔宣佈今季西甲球季結束後，將會完約離開巴塞隆拿，結束22年巴塞隆拿球員生涯。
神户胜利船
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伊涅斯塔本來首選是去中國(重慶)掏金，但受限於重慶對於球隊撒天價引進外援的能力有限(加上中超開始限制外援薪金)，未能達成共識的情況下於2018年5月加入日本J联赛的神戶勝利船，簽約三年、年薪2500萬歐元，成為當時全球第4高薪的足球員。
2020年1月1日，伊涅斯塔以隊長身份捧起日本天皇盃的獎盃。
2021年5月11日，伊涅斯塔与神户胜利船签署了一份续约合同，让他在俱乐部再留多两个赛季[3]。
2023年5月, 伊涅斯塔召開記者會, 宣佈与神户胜利船於7月1日提前結束合同並出席最後一場日職比賽,但仍未決定是否退役 。
转战阿联酋
2023年8月9日，酋长FC官方正式宣布伊涅斯塔加盟球队，双方将签约一年至2024年6月，并包含续约一年的选项。
2024年10月7日，伊涅斯塔宣佈正式退役[4]。